Meestal merk je niets van een infectie door het HPV virus, ook als je afweersysteem niet in staat is om het virus op te ruimen. De infectie blijft dan sluimerend in je lijf aanwezig. Wat je van besmetting met HPV kunt merken, is dat je wratjes op de schaamlippen of de penis hebt. Deze wratjes kunnen plaatselijk behandeld worden. Het HPV virus dat wratjes veroorzaakt, zorgt niet voor baarmoederhalskanker, dit is een ander HPV virus.
Een infectie van de baarmoederhals door het HPV virus, kan na verloop van tijd zorgen voor afwijkende cellen. Deze afwijkende cellen kunnen een voorstadium van baarmoederhalskanker veroorzaken. Vrouwen kunnen hier klachten van hebben, zoals bloedingen na de seks en pijn en/of een branderig gevoel. Een HPV infectie kan ook bij de man zorgen voor kanker, maar deze kans is veel kleiner dan bij vrouwen.